Målet är att förbättra folkhälsan, förebygga sjukdomar och undanröja hälsorisker. Bl.a. handlar det för EU:s del om att bekämpa stora folksjukdomar som psykisk ohälsa och övervikt/fetma. EU kan numera anta minimiregler inom vissa områden som påverkar folkhälsan. Rådet kan även besluta om vissa åtgärder på veterinär- och växtskyddsområdena för att skydda folkhälsan.
Viktiga instrument för att nå målen är EU:s folkhälsostrategier och folkhälsoprogram. Det första sammanhållna folkhälsoprogrammet, som löpte under perioden 2003-2008, omfattade totalt 354 miljoner euro för att finansiera olika projekt.
Det andra programmet för gemenskapsinsatser inom hälsoområdet omfattar 321,5 miljoner euro under perioden 2008-2013. Programmets tre mål är att förbättra medborgarnas hälsoskydd, främja hälsa samt ta fram och sprida information och kunskap om hälsa. Ansvarig för genomförandet av programmet är EU:s genomförandeorgan för hälsa och konsumenter (EAHC). Ansökningstiden för 2012 års ansökningsomgång gick ut den 9 mars 2012.
I november 2011 presenterade EU-kommissionen sitt förslag till nytt hälsoprogram ("Hälsa för tillväxt") för perioden 2014-2020. Programmet, som föreslås få en budget på 446 miljoner euro, ska stödja och komplettera medlemsstaternas arbete med att utveckla innovativa och långsiktigt hållbara hälso- och sjukvårdssystem, öka tillgången till bättre och tryggare hälso- och sjukvård, främja hälsa och förebygga ohälsa, samt skydda människor från gränsöverskridande hot mot hälsan. Förslaget behandlas nu i Ministerrådet och Europaparlamentet med sikte på att antas i slutet av 2013.
I oktober 2009 presenterade EU-kommissionen meddelandet "Solidaritet i hälsa: att minska ojämlikhet i hälsa i EU" som redogör för åtgärder som Kommissionen vill genomföra för att minska olikheterna i hälsa inom EU. Presentationen föregicks av ett samråd våren 2009 om vad EU kan göra för att bidra till minskad ojämlikhet i hälsa både mellan och inom medlemsländerna.
Tobak
För att minska användningen av tobak har EU antagit en rad regler. Bl.a. är nästan all tobaksreklam förbjuden, tobaksindustrin är förbjuden att sponsra internationella sportevenemang och cigarettpaketen måste ha varningstexter. Tobak som används i munnen och tobaksprodukter som inte är avsedda att rökas ska också märkas med varningstext. EU har också infört högsta tillåtna halter av tjära, nikotin och kolmonoxid i cigaretter. EU har även beslutat om arbetsmiljöbestämmelser som på olika sätt ska skydda arbetstagare mot exponering av tobaksrök på arbetsplatsen. EU har gemensamma skatteregler för tobaksprodukter (ej snus och tuggtobak). Försäljning av snus är inte tillåtet i något annat EU-land än Sverige.
Ministerrådet antog i november 2009 en rådsrekommendation om rökfria miljöer. Syftet är bl.a. att skydda medborgarna från tobaksrök på inhägnade offentliga platser, arbetsplatser och i kollektivtrafiken.
Hösten 2010 inledde EU-kommissionen en översyn av det s.k. tobaksvarudirektivet med att genomföra ett öppet samråd om en möjlig revidering av direktivet om tillnärmning av medlemsstaternas lagar och andra författningar om tillverkning, presentation och försäljning av tobaksvaror (2001/37/EG). Kommissionen väntas presentera ett förslag till ny lagstiftning i slutet av 2012.
Alkohol
EU arbetar även med att begränsa de alkoholrelaterade skadorna. EU-medlemskapet har dock påverkat de svenska reglerna för import, export, partihandel och tillverkning av alkohol. Reglerna för införsel av alkoholhaltiga drycker har blivit mer generösa och det svenska totalförbudet mot alkoholreklam har luckrats upp. Däremot har EG-domstolen slagit fast att Systembolagets försäljningsmonopol inte strider mot EG-rätten.
EU-kommissionen antog i oktober 2006 en strategi för att ta itu med alkoholens skadliga effekter på hälsan. En första lägesrapport avseende genomförandet av EU:s alkoholstrategi presenterades av EU-kommissionen i september 2009.
Narkotika
Kampen mot narkotika bedriver EU huvudsakligen inom tre olika områden:
- förebyggande arbete inom ramen för EU:s insatser på folkhälsoområdet och annan lagstiftning
- samarbete mellan medlemsländernas tull och polis samt viss harmonisering av medlemsländernas strafflagstiftning
- samarbete med tredjeland, både genom EU:s handelspolitik, biståndspolitik, internationellt samarbete och åtgärder inom den gemensamma utrikes- och säkerhetspolitiken.
Smittsamma sjukdomar
Vad gäller förebyggandet av de stora folksjukdomarna, främjar EU forskning om sjukdomarnas orsaker och överföring samt hälsoupplysning och undervisning. För att bl.a. komma till rätta med smittsamma sjukdomar som tbc, aids och influensa, inrättade EU 1999 ett nätverk för epidemiologisk övervakning och kontroll av smittsamma sjukdomar. I april 2004 inrättades en europeisk smittskyddsmyndighet, Europeiska centrumet för förebyggande och kontroll av sjukdomar (ECDC), som placerades i Solna utanför Stockholm och påbörjade sin verksamhet 2005.
Ministerrådet antog i december 2009 en rådsrekommendation om vaccination mot säsongsinfluensa. Målet är att 75 procent av de personer som tillhör någon riskgrupp ska vaccineras årligen senast 2015.
Ministerrådet antog i oktober 2009 rådsslutsatser om en gemensam strategisk hållning beträffande den pandemiska influensan (H1N1) 2009.
EU-kommissionen presenterade i december 2011 ett förslag till beslut om åtgärder för att förbättra skyddet mot gränsöverskridande hälsohot och bättre samordna krisinsatser inom EU. Förslaget ska nu behandlas i Ministerrådet och Europaparlamentet.