Strukturfondernas resurser fördelas till projekt som syftar till att öka den lokala och regionala tillväxten, sysselsättningen och konkurrenskraften. Genom att avsätta en del av EU:s strukturfondsmedel till insatser inom hälsoområdet, vill EU bl.a. minska sjukfrånvaron, öka sysselsättningen och förbättra produktiviteten och därigenom bidra till regional och lokal utveckling och förbättrad livskvalitet.
Medel från strukturfonderna kan användas till hälsofrämjande åtgärder, förebyggande av sjukdomar och satsningar på aktivt åldrande och fler friska år i arbetslivet. De kan också användas till förbättringar av servicen inom hälso- och sjukvården och till investeringar i infrastruktur såsom sjukhus, vårdcentraler och informationsteknologi. Ett annat syfte är att utveckla gränsöverskridande samarbeten och främja gemensam användning av infrastrukturen inom hälsoområdet. Enligt Kommissionens beräkningar uppgår EU:s satsningar på infrastruktur inom hälso- och sjukvården 2007-2013 till drygt 5 miljarder euro, vilket motsvarar ca 1,5 procent av budgeten för sammanhållningspolitiken.
Satsningarna inom ramen för sammanhållningspolitiken på att minska skillnaderna i hälsa, bl.a. genom investeringar i infrastruktur, riktar sig framför allt till EU:s nya medlemsländer.